एनआईईआर: ऑटोमेटा विभिन्न प्रकार के हथियारों की एक विस्तृत श्रृंखला प्रदान करता है, जिससे खिलाड़ियों को कई प्लेथ्रू में प्रयोग करने की अनुमति मिलती है। प्रत्येक हथियार में कई उन्नयन स्तर होते हैं, जो उनकी उपयोगिता को बढ़ाते हैं और खिलाड़ियों को यदि चाहें तो पूरे खेल में अधिकांश हथियारों का उपयोग करने में सक्षम बनाते हैं।

प्रतिरोध शिविर में हथियार उन्नयन आसानी से उपलब्ध हैं, हालांकि हथियार के आधार पर विशिष्ट संसाधनों की आवश्यकता होती है। एक महत्वपूर्ण शिल्प सामग्री, बीस्ट हाइड्स, आसानी से प्राप्त नहीं होती है; यह मार्गदर्शिका कुशल खेती के तरीकों का विवरण देती है।

एनआईईआर में जानवरों की खाल प्राप्त करना: ऑटोमेटा

जानवरों की खालें मूस और सूअर जैसे वन्यजीवों की संभावित बूंदें हैं। ये जीव विशिष्ट मानचित्र क्षेत्रों में बेतरतीब ढंग से दिखाई देते हैं, आमतौर पर खिलाड़ियों और आस-पास के रोबोटों से बचते हैं। मिनी-मैप पर उनके सफेद चिह्न उन्हें मशीनों के काले चिह्नों से अलग करते हैं। हालाँकि, मशीनों के विपरीत, वन्यजीव बार-बार प्रतिक्रिया नहीं करते हैं, जिसके लिए रणनीतिक खोज की आवश्यकता होती है।

मूस और सूअर विशेष रूप से बर्बाद शहर और वन क्षेत्रों के लिए हैं। उनका व्यवहार (भागना या हमला करना) जानवर के सापेक्ष खिलाड़ी के स्तर पर निर्भर करता है। उच्च स्तर के जानवर दूर से भी आक्रामक हो सकते हैं। वन्यजीवों में पर्याप्त स्वास्थ्य होता है, जिससे खेल के शुरुआती मुकाबले चुनौतीपूर्ण हो जाते हैं, खासकर समान स्तर वाले या मजबूत प्राणियों के खिलाफ।

जानवरों का चारा वन्यजीवों को करीब ला सकता है, शिकार प्रक्रिया को सरल बना सकता है।

चूंकि मुख्य कहानी के दौरान वन्यजीव लगातार प्रतिक्रिया नहीं करते हैं, इसलिए खिलाड़ियों को अन्वेषण के दौरान सक्रिय रूप से उनका शिकार करना चाहिए। वन्यजीव और मशीनी श्वसन समान स्थितियाँ साझा करते हैं:

• तेजी से यात्रा करने से सभी दुश्मन और वन्य जीवन नष्ट हो जाते हैं।
• पर्याप्त दूरी की यात्रा करने से पहले देखे गए क्षेत्रों में पुनरुद्धार शुरू हो जाता है।
• कहानी की प्रगति आस-पास के दुश्मनों और वन्यजीवों के पुनरुत्थान को भी ट्रिगर कर सकती है।

कुशल जानवर की खाल की खेती सीधी नहीं है। जंगल और शहर के खंडहर क्षेत्रों में पाए जाने वाले वन्यजीवों को लगातार ख़त्म करने से आम तौर पर पर्याप्त खाल मिलती है। गिरावट की दर अपेक्षाकृत अधिक है, जिसका अर्थ है कि अत्यधिक संचय की संभावना नहीं है जब तक कि वर्तमान में सुसज्जित हथियारों से अधिक हथियारों को अपग्रेड न किया जाए।